LA TAXONOMIE BACTERIENNE

I- INTRODUCTION:
• Le monde bactérien est complexe et polymorphe.
• Il nécessite un système de classification nécessaire à la communication scientifique.
• La classification des bactéries a d’abord été fondée sur l’étude de leurs caractères phénotypiques, puis de leurs caractères génotypiques grâce aux développements de la biologie moléculaire.

II- BASES DE LA TAXONOMIE BACTERIENNE:

1- DEFINITIONS:
• La taxonomie: (du grec taxi : ordre et nomos : gouverner) a pour but de classer les individus qui se ressemblent en groupes taxonomiques ou taxons.
• La classification : décrit les taxons et les rapports entre eux.
• L’identification : consiste à placer une souche dans un taxon.
• La nomenclature: réunit les règles qui permettent de nommer une souche identifiée.

2- LES UNITES TAXONOMIQUES:
• Les êtres vivants sont classés selon une classification hiérarchique à 7 rangs:
Règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre et espèce.
• Ordre, famille, genre et espèce sont les plus utilisés en bactériologie médicale et sont désignés par un terme latin dont la terminaison est «ales» pour l’ordre, «aceae » pour la famille et « us » pour le genre et l’espèce.
• En pratique courante, genre et espèce suffisent pour désigner une souche.
Exemple: Staphylococcus aureus
Ordre : Micrococcales
Famille : Micrococcaceae
Genre : Staphylococcus
Espèce: aureus
• L’unité taxonomique la mieux définie est l’espèce.
• Chez les procaryotes, les souches appartenant à une même espèce, dérivent d’un ancêtre commun et possèdent des structures génétiques très voisines. Les génomes des souches d’une même espèce ont plus 70 % d’homologies.
• L’espèce définie sur des marqueurs génotypiques est dite « espèce génomique » ou genospecies.
• L’espèce définie sur des marqueurs phénotypiques est dite « espèce phénotypique » ou phenospecies.
• Les espèces peuvent être subdivisées en sous-espèces, en biovars, en sérovars, en pathovars, sur la base de marqueurs métaboliques, antigéniques ou de virulence.
• Pour des raisons pratiques, on peut également regrouper les souches d’une espèce en fonction d’une propriété importante (antibiotypes: en fonction des profils des résistance aux antibiotiques).
Ex: Classification des entérobactéries en 4 groupes en fonction du profil de résistance aux ß-lactamines.

> Groupe I : entérobactéries sensibles à toutes les ß-lactamines:
E.coli, Salmonella spp, Shigella spp, Proteus mirabi1is.

> Groupe Il: entérobactérie résistantes aux aminopénicillines et aux Carboxypénicillines:
Klebsiella spp, Citrobacter koseri, citrobacter amalonaticus et Enterobacter hermannii.

> Groupe III : entérobactéries résistantes aux aminopénicillines, aux aminopénicillines inhibiteurs de
ß-lactamases et aux céphalosporines de 1ère génération.
Enterobacter spp, Serratia spp, Providencia spp, Citrobacter freundii, Proteus indole , MorganelIa spp.

> Groupe IV: Yersinia enterolitica résistante aux aminopénicillines, aux aminopénicillines inhibiteurs de ß-lactamases et aux céphalosporines de 1ere génération.

• Une souche est une population de bactéries qui descend d’une seule cellule (clone).
• Toutes les cellules d’une souche sont identiques.
• Si le nombre de générations est élevé, des variations génétiques peuvent apparaître et la souche n’est plus composée de cellules rigoureusement identiques (au sein d’une même culture, on peut avoir des bactéries sensibles à un antibiotique et des mutants résistants au même antibiotique).
• La souche type d’une espèce est une souche possédant tous les caractères qui définissent l’espèce.

3 - NOMENCLATURE BACTERIENNE:
• Une souche bactérienne est nommée en latin de son nom de genre et d’espèce.
• Le nom du genre prend une lettre MAJUSCULE et l’ensemble s’écrit sans accent.
Ex: Staphylococcus aureus
Vibrio cholerae.
• Des locutions latines sont parfois utilisées à la suite du genre pour préciser que la souche a été identifiée jusqu’au niveau du genre seulement et elle peut donc appartenir à n’importe qu’elle espèce de ce genre
Ex: Staphylococcus sp = species ou pour désigner l’ensemble des espèces d’un genre Ex: Staphylococcus spp = species pluriel.
• Entre la découverte d’une nouvelle bactérie et son étude taxonomique, il peut s’écouler plusieurs années. Elle est désignée par un nom ou un code provisoire.
Exemple:
1983 : description d’une nouvelle bactérie gastrique spiralée d’abord nommée provisoirement Campylobacter-Like- Organism ou CLO 1989: les études taxonomiques ont montré qu’elle était différente du genre Campylobacter. Un nouveau genre a été crée :
Helicobacter avec une dizaine d’espèces dont H.pylori.
• Des noms rappelant certains caractères morphologiques ou le pouvoir pathogène ou le nom du découvreur sont parfois utilisés.
Exemple: Staphylocoque doré ou staphylocoque pathogène pour Staphylococcus aureus.
• Des documents de référence donnent la classification et la nomenclature actuelles selon un consensus international de classification et de nomenclature (Journal of Systematic bacteriology ou Bergey’s manual of determinatiive bacteriology).
• Cette classification n’est pas définitive. Elle est sujette à des remaniements en fonction du développement des études taxonomiques.
Exemple: Haemophilus vaginalis puis Corynebacterium vaginalis puis actuellement Gardnerella vaginalis.

III- METHODES TAXONOMIQUES:
Deux types de marqueurs sont utilisés:
- marqueurs phénotypiques
- marqueurs génotypiques

1- Marqueurs phénotypiques:
Morphologie : forme, mobilité, disposition des flagelles, Gram, présence éventuelle de spores, aspect des
colonies
- Propriétés biochimiques: rapport avec l’oxygène, utilisation de différentes sources de carbone, étude des différentes voies métaboliques, besoin en facteurs de croissance...
- Nature des Ag
- Sensibilité aux antibiotiques
- Sensibilité aux bactériophages
- Analyse des constituants de la paroi
- Analyse chromatographique de métabolites de la bactérie.

2- Marqueurs génotypiques : (cf cour épidémiologie des infections bactériennes)